Limites et précautions d’utilisation

- Le système des chaînes logiques ne peut en aucun cas servir à l’établissement d’un diagnostic, de recettes à appliquer ou de mode d’emploi

- Les chaînes logiques n’abordent pas la pathologie ou la maladie en général et ne considèrent ni la physiopathologie, ni la symptomatologie ni les troubles associés.

- Les chaînes logiques se situent au niveau de la structure et de la fonction mais pas de la situation : ne sont pas abordées les conditions contextuelles (hospitalisation, coma, maladie chronique..).

- Les chaînes logiques ne s’intéressent pas directement aux phases ou aux protocoles thérapeutiques : elles évoquent des logiques décontextualisées : on ne parle pas de ménisectomie, impliquant des circonstances opératoires, mais d’absence méniscale qui est une anomalie exempte de toute causalité.

- Les chaînes logiques ne sont pas des normes de qualité pas plus que des références de procédure obligatoire – et ne peuvent le devenir.

Il convient de préciser que ces chaînes restent factuelles, comme tout ce qui touche à la médecine. Cela justifie toute l’humilité qui doit être la nôtre, aussi bien pour affirmer nos compétences que lorsque nous soignons des patients, car il s’agit de la même honnêteté. 
Comme toute modélisation, la conception des chaînes logiques reste imparfaite tant sur son contenu que sur son organisation, et reste donc ouverte à toute évolution ».[6]